John Malkovich groeide op in Benton Illinois waar zijn grootmoeder de uitgever was van een lokale krant, zijn vader stond aan het hoofd van het State Conversation Department.
Als kind had John Malkovich last van overgewicht wat hem er toe aanzette een Jell-O-dieet te ondergaan waardoor hij bijna 30 kilogram aan gewicht verloor! Hij studeerde aan de Illiniois State University. Hij begon te acteren in schoolproducties tot hij in 1976 In Chicago, samen met wat schoolkameraden en Gary Sinise de Steppenwolf Theater Company oprichtte waar Joan Allen en Laurie Metcalf zich al snel bij aansloten..
Zijn inbreng voor dit toneelgezelschap ging veel verder dan gewoon wat rollen vertolken: tussen 1976 en 1982 stond Malkovich ook in voor het ontwerpen van sets/decors maar ook het regiewerk (van toneelstukken dus) nam hij soms voor zijn rekening. Tussen 1976 en 1982 verleende hij zijn medewerking aan meer dan 50 Steppenwolf producties.

Hij was te zien in toneelstukken als True West van Sam Shepard (1983) (zijn toneeldebuut in New York, bekroond met een Obie Award), en verraste Broadway met stukken als de revival van Death of a Salesman van Arthur Miller met Dustin Hoffman, State of Shock van Sam Shepard en Burn This van Lanford Wilson die te zien was in New York, Londen en Los Angeles. Death of a Salesman werd overigens een jaar later uitgebracht als tv-film. Daarin vertolkte Malkovich de rol van Biff Loman, hij kreeg er zelfs een Emmy voor. In 2003 was John Malkovich verantwoordelijk voor de Franse toneelproductie Hysteria die te zien was in het Theatre Marigny in Parijs en voor vijf Molière Awards werd genomineerd waaronder die voor Beste regie. Ook voor Good Canary die in Parijs werd vertoond kreeg Malkovich een Moliere Award voor Beste regisseur.

Eén van zijn eerste filmrollen was die van een blinde man in de prent Places in the Heart. Een bijzonder sterk debuut want hij werd genomineerd voor de Oscar voor Best Supporting Actor (Beste acteur in een bijrol), iets wat hem overigens nog een tweede keer overkwam voor zijn rol in In The Line Of Fire van Clint Eastwood waar hij ook een Golden Globe nominatie voor keeg. Voor Places in the Heart verzilverde hij de Best Supporting Actor Award van de National Society of Film Critics en de National Board of Review maar werd hij ook genomineerd voor een Golden Globe in de categorie serie, miniserie of langspeelfilm gemaakt  voor televisie.

In 1999 won John Malkovich de New York Film Critics Circle Award for Best Supporting Actor voor zijn rol in Being John Malkovich.

John Malkovich zorgde voor nog meer acteer(vuur)werk op het grote scherm met zijn rol van cynische fotograaf in The Killing Fields en zijn innemende rol van verleider in Dangerous Liaisons zal iedere filmliefhebber zeker gekend zijn. Het acteerwerk bleef in dit geval niet echt gescheiden van het privégebeuren want zijn romance met Michelle Pfeiffer zorgde ervoor dat zijn huwelijk met Glenne Headly hierdoor op de klippen liep. Hij was getrouwd met de actrice van 1982 tot 1990.

In 1998 richtte John Malkovich samen met Lianne Halfon en Russell Smith het Productiebedrijf Mr. Mudd op dat met zijn eerste prent Ghost World van Terry Zwigoff tekende voor een sterk debuut. In 2003 bracht Malkovich via hetzelfde kanaal zijn regiedebuut The Dancer Upstairs met Javier Bardem uit, maar ook hierna bleef The Mudd scoren met films als The Libertine met Johnny Depp en Samantha Morton, Art School Confidential, ook al van Terry Zwigoff en Juno (2008) die de Oscar kreeg voor Best Original Screenplay en in nog drie andere categorieën werd genomineerd (Best Motion Picture, Best Actress (Ellen Page) en Best Director (Jason Reitman). De film won in 2008 ook de Independent Spirit Award voor Beste langspeelfilm.

Televisie dan. John Malkovich kreeg voor zijn rol in Death of a Salesman van Volker Schlöndorff met Dustin Hoffman een Emmy en werd ook genomineerd voor een Golden Globe. Voor zijn rol in zowel de miniserie Napoleon als de HBO-tv-film RKO 281 werd hij genomineerd voor een Emmy Award.
Naast toneel en film is John Malkovich ook actief in de wereld van... de opera (!). Zo ging hij in 2011 al op tournee doorheen Europa en Australië met The Giacomo Variations (waar hij de rol van Casanova, de vrouwenverleider uit de 18e Eeuw vertolkte) en The Infernal Comedy: Confessions of a Serial Killer, een monoloog die wordt afgewisseld met aria's. Die laatste werd ook vertoond op het 29e jaarlijkse Next Wave Festival in de Brooklyn Academy of Music.

Nog enkele films met John Malkovich die het vermelden waard zijn: Burn After Reading van de broertjes Coen die in première ging op het Filmfestival van Venetië anno 2008, Changeling van Clint Eastwood waar hij toch al meerdere films mee maakte, Beowulf van Robert Zemeckis met Angelina Jolie, Of Mice and Men van Steppenwolf-collega Gary Sinise, enz...

In 2002 was John Malkovich uitvoerend producent voor de documentaire How to Draw a Bunny. Daarin stond artiest Ray Johnson centraal. De film won de Prijs van de jury op het Sundance Filmfestival van 2002 en de Publieksprijs op het befaamde Rencontre Film Festival in Parijs. De docu werd ook genomineerd voor een Independent Spirit Award voor Beste documentaire in 2003.

Mr. Mudd en dus ook Malkovich stonden in 2009 in voor de productie van de HBO-documentaire Which Way Home. Daarin wordt de immigratie bekeken door de ogen van niet begeleide kinderen/minderjarigen die proberen om de Verenigde Staten binnen te komen. De film werd genomineerd voor een Academy Award/Oscar in de categorie Beste documentaire, voor een Independent Spirit Award voor Beste documentaire en voor drie Emmy's in de categorieën camerawerk, montage en research.

In 2014 keerde Malkovich terug naar het kleine scherm. Hij schreef niet alleen zijn eerste scenario voor televisie, hij had ook een rol in de 10-delige NBC-serie, gebaseerd op The Republic of Pirates, een boek van Colin Woodward. De reeks werd opgenomen in Puerto Rico en speelt zich af in 1715 waarin het leven van de bekende piraat, Edward 'Blackbeard' Teach, centraal staat.

John Malkovich houdt ook van mode en het ontwerpen ervan. Hij heeft zelfs zijn eigen kledijlijn onder de naam Technobohemian.

En we sluiten de biografie van John Malkovich af met een bijzondere uitspraak, zij het één die meer dan twintig jaar oud is. Toen vroeg men hem in een interview of hij in de filmwereld actief zou zijn mocht het niet voor het geld, de bekendheid, of algemeen, de roem zijn. Waarop Malkovich onmiddellijk antwoordde: "Nooit. Ik doe het voor het geld."

John Malkovich woont met zijn familie afwisselend in de Verenigde Staten en in Frankrijk.