Black Narcissus volgt het verhaal van vijf protestantse nonnen, onder leiding van zuster Clodagh (Deborah Kerr), die afreizen naar de Himalaya om een school te stichten. Daar aangekomen worden ze meer en meer geplaagd door onzekerheden en wereldlijke verlangens, vooral in de vorm van de charmante Britse regeringsambtenaar Mr. Dean. Terwijl de interne conflicten en morele dilemma’s groeien, krijgen de zusters ook nog te maken met de wantrouwende lokale bevolking en de elementen.