In dit vierde deel maken we kennis met de tweeling Rebecca en Cecil, die niet bepaald dol zijn op hun stiefmoeder Marissa. Wanneer een gemene schurk verschijnt, die zichzelf de Timekeeper (Jeremy Piven) noemt, wordt Marissa opgeroepen om haar taak als spionne weer op te pakken. The Timekeeper wil de tijd op aarde stil zetten en het is aan Marissa om hem tegen te houden. Rebecca en Cecil hebben geen andere keus dan Marissa te helpen en krijgen daarbij hulp van Spy Kids Carmen en Juni Cortez.