In dit vervolg op Sister Act wordt Deloris Van Cartier van haar succesvolle carrière in Las Vegas weggelokt door de zusters van St. Catherine, die hulp nodig hebben in een school. Deze blijkt ook toevallig haar oude Alma Mater te zijn.
Klaarblijkelijk hebben de 'zusters' van Doloris hun buurtwerk voortgezet in het klaslokaal. Maar zijn volledig verloren op het moment dat zij te maken krijgen met een groep losbandige teenagers en een hele school vol ouderwetse Jezuïeten. Bovendien wordt de school met sluiting bedreigd indien er niet wat leven in de brouwerij komt.
Deloris wordt gedwongen als muzieklerares het oude habijt weer aan te trekken. Zowel de ongemotiveerde jongeren als de stijve Jezuïeten voelen in de eerste instantie niets voor haar onorthodoxe manier van lesgeven. Op het moment dat zij bijna heeft besloten de klus op te geven, begint zij in haar opstandige leerlingen iets van zichzelf terug te vinden en besluit alles op z'n kop te zetten. Met de hulp van de nonnen wordt de muziekles een eersteklas 'hip-hop' gospelkoor. Op hun beurt helpen de kinderen Deloris een paar problemen in haar eigen leven op te lossen. Uiteindelijk bereikt Deloris dat, danzij haar eigengereide wijsheid, zowel de kinderen, de school en de Orde nieuw leven wordt ingeblazen.

Geschreven door Jim Orr en James Cruicskhank, gebaseerd op een verhaal van Judy Ann Mason.