De zomer is net afgelopen in het badstadje Mystic in New England. De meeste vakantiegangers zijn naar huis. Het is opnieuw rustig in de eettent Mystic Pizza, waar drie jonge vrouwen werken : Daisy en Kat Aroujo en Jojo Barboza. Zij vormen de spilfiguren van een tragi-komische film die op een sfeervolle en gevoelige manier hun wankele stap naar de volwassenheid illustreert.

Mystic Pizza is een film over drie vrouwen die bang zijn geklemd te blijven in het keurslijf van hun dorp dat gedomineerd wordt door Portugese vissers en rijke vakantiegangers. Gewapend met hun vriendschap, hun dromen en hun humor zullen ze proberen de drempel van de volwassenheid zo goed mogelijk te overschrijden. Langzaam begrijpen ze dat hun wilde plannen en avontuurlijke idealen weinig te maken hebben met de rauwe romantiek van elke dag... maar die heeft soms ook z'n charmes. Zelfs in Mystic.