Muidhond brengt het verhaal van Jonathan, een introverte, zachtaardige jonge man. Hij keert terug uit de gevangenis naar zijn dorp aan de kust, waar hij samenleeft met zijn moeder. Over de reden van zijn afwezigheid wordt niet gepraat. In de woning naast hen hebben een moeder en haar dochtertje van 10 jaar hun intrek genomen. Als Jonathan van een uitstap naar de duinmeertjes terugkeert met een gekwetste muidhond - een vis uit de karperfamilie - komt het meisje op bezoek om de vis te bewonderen. Ze zoeken steeds vaker elkaars gezelschap op en er ontstaat een hechte vriendschap tussen beiden. Maar Jonathan worstelt met zijn eigen begeerte die hij koste wat het kost wil onderdrukken. Hij raakt uit zijn evenwicht. Op zijn werk wordt hij ontslagen en de vis gaat zienderogen achteruit. Daarbovenop moeten ze binnenkort verhuizen en zal hij afscheid moeten nemen van het meisje.