In het stadje Retroville valt bitter weinig te beleven. Daarom wachten het jonge genie Jimmy Neutron en zijn vrienden met ongeduld op de opening van het nieuwe Retroland Pretpark. Als de grote dag eindelijk aangebroken is verbieden Jimmy's ouders hem naar het pretpark te gaan. Maar geen nood : Jimmy sluip het huis uit en trekt er toch met zijn vrienden op uit.

Terwijl Jimmy de tijd van zijn leven beleeft, drukt hij stiekem de wens uit dat zijn ouders zouden verdwijnen. En inderdaad ! Zijn ouders, net als die van alle andere kinderen uit Retroville trouwens, verdwijnen van de aardbol, ontvoerd door de vreselijke Yokians, gemene, groene, slijmerige, eivormige buitenaardse wezens, met een vrij pervers gevoel voor humor.

Aanvankelijk vinden Jimmy en Co. het geweldig eindelijk verlost te zijn van het ouderlijk juk. Maar spoedig komen zij tot de vaststelling dat ze nu nog van niemand hulp hoeven te verwachten als ze in de penarie komen te zitten. De kinderen hebben hun ouders niet alleen nodig, ze willen ze terug !

Jimmy trekt meteen naar zijn laboratorium en ontdekt de lotgevallen van de vermiste volwassenen. Uitergerust met zijn fraaiste nieuwe uitvindingen snellen Jimmy en zijn trouwe robothond Goddard, zijn beste maat Carl Wheezer en zijn eeuwige rivale Cindy Vortex in zelfgemaakte ruimtetuigen hun ontvoerde ouders achterna. Zullen zij er alsnog in slagen hun ouders uit de klauwen van de griezelige Yokians te redden ?