Rapito speelt zich af in 1858 in de Joodse wijk van Bologna, waar de zevenjarige Edgardo wordt ontvoerd door soldaten van de paus. Volgens de kardinaal was het kind in het geheim gedoopt en moet het daarom een katholieke opvoeding krijgen. Edgardo’s ouders doen er alles aan om hun kind terug te krijgen, wat al snel zorgt voor een strijd met een politieke dimensie.