In het derde seizoen van The Unit gaat een geheim Special Forces-team - met leden Jonas, Colonel Tom Ryan, Mack Gerhardt, Charles Grey, Hector Williams en Bob Brown - op undercovermissie over de hele wereld. De levensbedreigende situaties zorgen ervoor dat de hooggekwalificeerde soldaten een uniek broederschap ontwikkelen met een blind vertrouwen in elkaar.

In dit derde seizoen wordt de eenheid opgeheven, terwijl de leden voor oorlogsmisdaden worden gezocht. In Panama maakt een moordenaar jacht op Jonas. Hector en Mack zitten gevangen en alleen Bob is veilig.