In Skylines volgen we de voormalige kapitein van het moederschip, Rose, die in een vluchtelingenkamp voor mensen verblijft. Generaal Radford legt Rose uit dat de tijd dringt, en ze moeten handelen voordat de aliens hun hersenen eruit trekken. Alleen de kern van het Armadaschip bemachtigen biedt de mensheid een kans op overleven. Radford en zijn team hebben de speciale krachten van Rose nodig om deze te heroveren. Maar durft Rose haar krachten nog wel te gebruiken nadat dit de vorige keer zo desastreus afliep voor iedereen om haar heen?