De door het volk geliefde meesterdief Ishikawa Goemon (Yosuke Eguchi), de Robin Hood van Japan, berooft de op macht beluste edelen om hun bezittingen aan de armen te kunnen even. Bij een roekeloze rooftocht steelt hij een schijnbaar waardeloze doos. Deze doos van Pandora zal echter de toekomst van het hele land bepalen. Niet lang daarna zit een leger Ninjakrijgers Goemon op de hielen…