In het tweede seizoen probeert de bemanning van het marineschip Nathan James – onder leiding van Kapitein Chandler en officier Mike Slattery het geneesmiddel te verspreiden dat door Dr. Rachel Scott is ontwikkeld. Eenmaal op Amerikaanse bodem worden ze echter geconfronteerd met nieuwe vijanden: een groepje mensen die immuun zijn tegen het virus, een nieuwe wereldorde geleid door Granderson.