Kafka Hibino is een doodgewone Japanner die werkt als een opruimer van monsters in een land waarin het wemelt van de Kaiju. Hij wilt zich graag aansluiten bij de Defense Force, waarvan zijn jeugdvriendin en rijzende ster Mina Ashiro al deel uitmaakt. Na zijn hereniging met Mina besluit Kafka om zijn oude droom na te jagen, maar dan wordt hij plotseling getransformeerd in de krachtige ‘Kaiju No. 8’. Met hulp van zijn jonge collega Reno Ichikawa houdt Kafka zijn identiteit verborgen om zijn levenslange droom na te jagen: slagen voor het Defense Force-examen. Totdat op een dag een Defense Force-basis wordt aangevallen door een mysterieuze intelligente Kaiju, waardoor Kafka wordt gedwongen een levensveranderende beslissing te nemen die zijn identiteit op de proef zal stellen.