In Gotham volgen we detective Gordon (Ben McKenzie) en zijn partner Harvey Bullock (Donal Logue) wanneer ze de moord op Thomas en Martha Wayne proberen op te lossen. Tijdens het onderzoek ontmoet Gordon de zoon van het echtpaar, Bruce Wayne, en moet hij de confrontatie aangaan met de imposante gangleider Fish Mooney (Jada Pinkett Smith). Gordon ontmoet ook andere figuren die later de meest beruchte en terugkerende schurken van DC Comics zullen worden, zoals de toekomstige Catwoman (Camren Bicondova) en The Penguin (Robin Lord Taylor).