In seizoen 2 van Into the Badlands zijn Sunny en M.K. ver van elkaar gescheiden en allebei op onwaarschijnlijke plaatsen opgesloten. Terwijl M.K. moeite heeft om zijn krachten onder controle te houden, is Sunny vastbesloten om te blijven vechten tot hij terug naar de Badlands kan om zijn familie te vinden of al proberende te sterven. Clipper en Colt worden tijdens hun tocht bijgestaan door mysterieuze nieuwe bondgenoten die wel eens door allesbehalve zuivere motivaties gedreven zouden kunnen zijn. Intussen blijft The Widow macht consolideren tegen de andere Baronnen, terwijl een mysterieuze donkere dreiging zich voorbereidt op wraak tegen hen allemaal. Er worden allianties gevormd, vriendschappen verraden, en tegen het einde van het seizoen zal het leven van Sunny en M.K. voor altijd veranderd zijn, met verschrikkelijke gevolgen.