Mr. en Mrs. Fox hebben een idyllisch leven samen met hun zoon Ash en hun jonge neefje Kristofferson , dat bij hen logeert. Na twaalf jaar te hebben genoten van een rustig familieleven, brengt het gezapige bestaan het wilde dier in Mr. Fox naar boven. Hij haalt al gauw weer zijn oude streken uit als stiekeme kippendief. Hierdoor brengt hij niet alleen zijn geliefde gezinnetje, maar ook de gehele dierengemeenschap in gevaar. Ze verbergen zich onder de grond met genoeg voedsel om het een tijdje uit te houden en smeden een strijdplan tegen de kwaadaardige boeren Boggis, Bunce en Bean, die vastbesloten zijn de roekeloze, fantastische Mr. Fox in de kraag te grijpen... Uiteindelijk gebruikt hij zijn natuurlijke instinct om zijn familie en vrienden te redden.