In de rechtbank staat Zain, een 12-jarige jongen, voor de rechter. Op de vraag van de rechter: “ Waarom klaag je je ouders aan?”, antwoord Zain: “Omdat ze me op de wereld gezet hebben!”. Capharnaüm vertelt het onwaarschijnlijke verhaal van dit kind op zoek naar zijn identiteit en dat rebelleert tegen het leven dat hem opgelegd wordt.