Habemus Papam begint met de dood van paus en met het conclaaf dat zijn opvolger kiest. Eenmaal gekozen raakt de nieuwe paus in een diepe persoonlijke crisis, vanwege de vele verantwoordelijkheden die hem boven het hoofd hangen. Hierbij krijgt hij hulp van een psychoanalyticus, een rol die wordt vertolkt door Nanni Moretti.