Na het winnen van een studiebeurswedstrijd, worden vier begaafde weeskinderen gerekruteerd door de eigenaardige Mr. Benedict voor een gevaarlijke missie om de wereld te redden van een wereldwijde crisis die bekend staat als The Emergency. Reynie, Sticky, Kate, en Constance moeten infiltreren in het mysterieuze L.I.V.E. Institute om de waarheid achter de crisis te ontdekken. Wanneer de directeur, de verfijnde Dr. Curtain achter deze wereldwijde paniek blijkt te zitten, moeten de kinderen van Het Mysterieuze Benedict Genootschap een plan bedenken om hem te verslaan.