Televisie verslaggeefster April O'Neil merkt op dat er in de stad een ware misdaadgolf ontstaan is, waarbij de slachtoffers nooit hun aanranders zien. Op een avond, wanneer ze van de studio naar huis gaat, wordt ze zelf praktisch het slachtoffer van zulk een diefstal, maar ze wordt door een geheimzinnig wezen geholpen. Wie of wat dit was weet ze niet.

In de riolen onder de stad komen haar redders bijeen in een schuilhol. Het zijn Leonardo, Raphael, Michelangelo en Donatello, de beruchte 'Teenage Mutant Ninja Turtles', schildpadden die door chemisch afval muteerden tot menselijke grootte en met het intellect van de mens. Ze werden opgevoed door een eveneens gemuteerde rat, Splinter, een meester in de ninja-krijgskunst.
Alhoewel Aprils alarmkreet weinig uithaalt bij de politie, het vestigt wel de aandacht van de verantwoordelijke gangsterbende, The Foot, op haar. Wanneer April door de bendeleden in de metro in een hoek gedreven wordt, is het Raphael die haar redt. Hij neemt April mee naar hun schuilplaats, niet wetende dat hij gevolgd wordt. De Turtles brengen April naar huis, maar zo gauw ze weg zijn, vallen de leden van The Foot de schuilplaats binnen en kidnappen Splinter...