Als de ouders van de 10-jarige Mary Lennox overlijden wordt ze naar haar oom in Engeland gestuurd. In het grote landhuis ontmoet ze haar zieke neefje Colin, die eigenlijk het huis niet uit mag. Samen gaan ze op onderzoek uit in honderden kamers en uitgestrekte tuinen. Daar ontdekken ze een mysterieuze deur die toegang geeft tot een geheime tuin die sinds de dood van haar tante niet meer open is geweest.