Als Sean Anderson (Josh Hutcherson) een mysterieus gecodeerd bericht ontvangt, kan het avontuur beginnen. Hij vermoedt dat de afzender wel eens zijn verdwenen grootvader zou kunnen zijn. Samen met zijn stiefvader Hank, de excentrieke helikopterpiloot Gabato en diens knappe, eigenzinnige dochter Kailani (Vanessa Hudgens) komt hij terecht op een geheimzinnig eiland vol vreemde dieren, gouden bergen, dodelijke vulkanen en verbazingwekkende geheimen. Het wordt een race tegen de klok, want het magische eiland dreigt door een natuurverschijnsel in zee te verdwijnen en al haar schatten en geheimen mee te nemen