Prey speelt zich af 300 jaar geleden, ten tijde van de Comanche. Dit is het verhaal van Naru, een krijger die opgroeide op de Great Plains. Wanneer haar kamp gevaar loopt, gaat ze op pad om haar volk te beschermen. De prooi die ze achtervolgt is een buitenaards roofdier met een geavanceerd wapenarsenaal.