De overblijfselen van de menselijke beschaving vechten in seizoen 2 een nog harder gevecht tegen het leger van de Aartsengel Gabriel. Alex Lannon reist af naar de legendarische stad New Delphi, een menselijke enclave met een duister geheim, in de hoop om daar een militaire alliantie te sluiten met hun leider. Ondertussen krijgt Claire Riesen in Vega te maken met een opstand tegen het klassensysteem van de stad, ze komt lijnrecht tegenover David Whelan en zijn rebelse bondgenoten te staan. Terwijl er oorlog woedt in de paar steden die er nog zijn op aarde ontdekt Michael een nieuwe mysterie in de vorm van Mallory, een stad ogenschijnlijk onaangetast door de hemelse oorlog.