Into the Badlands speelt zich af in een desolate wereld waar machtige feodale baronnen de macht in handen hebben. De reeks vertelt het verhaal van een onverschrokken krijger en een jongen die zich aan een spirituele tocht op gevaarlijk terrein wagen.
In een verre toekomst, na natuurrampen en door de mens veroorzaakte catastrofes, is een nieuwe maatschappij ontstaan waar de harde wet van de sterkste geldt en waar alle macht en weelde toekomt aan wie ze zich brutaal toe-eigent. Dit territorium – the Badlands – is verdeeld over 7 rivaliserende baronnen die alle levensnoodzakelijke resources in handen hebben en hun regels opleggen met de steun van hun loyale strijdkrachten, de Clippers. Deze krijgers genieten status en comfort waarvan de gewone sterveling alleen maar kan dromen. Ze zijn bereid hun leven te geven voor hun baronnen. Weinig Clippers halen hun 30e verjaardag, maar Sunny is geen gewone Clipper. Met zijn talent in de gevechtskunsten (martial arts) is Sunny razendsnel opgerukt in de rangorde, tot Head Clipper en raadsman bij uitstek van Quinn (Marton Csokas).
Quinn is al decennia lang zonder enige betwisting de machtigste leider van de Badlands, maar de nieuwste baron, de Widow, heeft dat zo niet begrepen: transportvoertuigen van Quinn worden brutaal overvallen en de confrontatie kan niet uitblijven. Eén van die gevechten leidt Sunny tot bij M.K., een tiener die een dodelijke hinderlaag heeft overleefd. Sunny ontdekt al snel dat de jongen een duister geheim meedraagt. Er staat overigens een stevige premie op zijn hoofd. Terwijl de Widow haar campagne tegen Quinn voortzet, geraken het lot van de stoïcijnse moordenaar en dat van de onstuimige tiener in elkaar verstrengeld. Hun ontwikkeling tot leraar en leerling doet elk zijn ware missie ontdekken, samen beginnen ze aan een avontuur dat voor iedereen in de Badlands het verschil kan betekenen tussen chaos en verlichting.