Het verhaal van Corto Maltese speelt zich af omstreeks 1919, een tijd waarin fabelachtige gepantserde treinen Rusland, Siberi? en Mantsjoerije doorkruisen. Het is op één van deze konvooien dat onder leiding van Admiraal Kolchak een indrukwekkende hoeveelheid goud, eigendom van de contrarevolutionaire regering wordt vervoerd.
Ondanks het feit dat een kleine legertje tot de tanden gewapende soldaten instaat voor de begeleiding van dit belangrijke waardentransport, hebben heel wat mensen hun zinnen gezet op de inhoud van deze trein.
Wanneer Corto Maltese (met oorbel in het linkeroor) ternauwernood aan een aanslag ontsnapt besluit hij de organisatie te helpen die hem van een snelle dood met de kogel heeft gered : de 'Rode Lantaarns', in hun eerste contact met Maltese (lees : Malt????se) vertegenwoordigd door drie mysterieuze Oosterse schoonheden?
Wat volgt is een avontuur waarbij Corto en Raspoutine (zijn eeuwige vriend/vijand) het aan de spreekwoordelijke stok krijgen met verschillende geheime Chinese genootschappen, de Russische hertogin Semenova en nog meer van zulks fraais die deze animatiefilm wat moeten opsmukken.

Corto Maltese, met muziek van Franco Piersanti, is gebaseerd op het werk van Hugo Pratt, de in 1927 in Rimini geboren kunstenaar, afkomstig uit een familie met Engelse, Franse, Joodse en Turkse roots. Pratt was al op jonge leeftijd geénteresseerd in stripverhalen en Hollywood-filmproducties, waardoor hij vergezeld van zijn grootmoeder een regelmatig bezoeker was van de Malibran, een bioscoop gevestigd naast het huis van Marco Polo.
Op stripvlak nam Pratt's carri?re een start met zijn werk in L'as de Pique, een tijdschrift dat werd uitgegeven door zijn vrienden tekenaars-scenaristen van de Groep van Veneti?.
Pratt (overleden aan kanker op 20/08/1995) heeft zowat de hele wereld rondgereisd wat voor hem het middel bij uitstek was om zichzelf en andere culturen en volkeren te leren kennen. Op zijn lange tocht bleven zijn producties steeds een constant gegeven. Wanneer hij in 1962 terugkeerde naar Itali? vond hij een geldschieter die ervoor zorgde dat door middel van Sgt Kirk de strips in Europa konden worden uitgebracht die dateren uit Pratt's Argentijnse periode. De ballade van de zilte zee uit 1967 bijvoorbeeld waarin Corto Maltese voor het eerst wordt vermeld.
Anno '70 neemt Corto Maltese de hoofdrol voor zijn rekening van een serie die tussen 1970 en 1973 in 'Pif Gadget' wordt gepubliceerd en later wordt vertaald in 15 talen.

Het was in dit weekblad dat regisseur Pascal Morelli op 12-jarige leeftijd C.M. ontdekte, vreemd genoeg aangezet door de negatieve kritiek die Pratt's stripverhalen opwekten in de lezersrubriek.Hij raakte geboeid door het hoofdpersonage en van het één kwam het ander : aanvankelijk was er sprake van een tv-serie, later dikte de interesse aan tot een tv-film (RAI) tot Morelli in 1997 zich met een kleine groepje tekenaars als basis, bijgestaan door 400 extra medewerkers, vestigde in de Studio Corte in Parijs en begon te werken aan wat vijf jaar en 500.000 tekeningen later een volwaardige tekenfilm werd, toch wat de speelduur ervan betreft.

Corte Maltese komt op bepaalde momenten qua stijl en tekeningen over als een strip(verhaal) maar dat zal een bewuste keuze zijn geweest. De regisseur zegt zelf dat de uitdaging voor de makers erin bestond om de tekeningen van Pratt af te maken zonder aan hun charme te raken en de elegantie van zijn composities en de geheimzinnigheid die van elke pagina afdruipt in ere te houden.
Morelli stelt dat de personages van Pratt weinig bewegen en er zelfs sprake is van een zeker immobilisme.
Toch twijfelen we er sterk aan of de stroefheid van sommige bewegingen en scènes op zo'n manier bedoeld was. Men heeft er bijvoorbeeld de meeste moeite mee om beweging te geven aan een frontaal beeld van enkele ruiters. Film heeft een dimensie meer dan een stripverhaal en die lijkt in deze scène onbenut.
Let bijvoorbeeld ook eens op de manier waarop de vrouw in de sneeuw valt die door Raspoutine na de overval op de trein wordt neergeschoten.
Een animatiefilm is nooit slecht, maar Corto Maltese had op een aantal vlakken toch wel beter gekund.