Colony speelt zich af in de nabije toekomst en vertelt het verhaal van een familie die probeert te overleven in een bezet Los Angeles. Het is een gevaarlijke wereld met verschillende ideologieën. Sommigen kiezen er voor om de bezetters te helpen en profiteren van de nieuwe orde, anderen gaan er tegen in en moeten leven met de gevolgen. Will Bowman (Josh Holloway – Lost), een voormalig FBI- agent en zijn vrouw Katie (Sarah Wayne Callies – The Walking Dead) zijn gescheiden van hun zoon tijden de invasie, nu doen zij er alles aan om herenigd te worden.