De 8-jarige Bruno is de zoon van een nazi officier. Zijn vader heeft promotie gekregen en ze verhuizen met het hele gezin uit hun vertrouwde omgeving in Berlijn. Hun nieuwe huis staat in een afgelegen gebied in de bossen met in de verte een groot hek dat Bruno afschermt van de vreemde mensen die hij daar achter ziet bewegen. Bruno heeft niemand om mee te spelen en hij begint zich steeds eenzamer te voelen. Door de enorme verveling en zijn grote nieuwsgierigheid negeert hij de waarschuwingen van zijn moeder om niet in “de achtertuin” te spelen. Op één van zijn ontdekkingstochten ontmoet hij Shmuel, een jongen die even oud is, maar die een compleet ander leven heeft. Hij woont aan “de andere kant van het hek”. De beleving van de twee jongens in de volwassen wereld waarin ze terecht zijn gekomen zorgt voor een bijzondere vriendschap die uiteindelijk desastreuze gevolgen zal hebben.